Die Schulform der Sekundarschule ist neben den anderen bereits bestehenden Schulformen der Sekundarstufen I und II (Hauptschule, Realschule, Gymnasium, Gesamtschule) als 5. Säule fest im Schulgesetz des Landes Nordrhein-Westfalen verankert.
Die Sekundarschule Schloss Varenholz umfasst die Jahrgänge fünf bis zehn und bereitet die Schüler/-innen sowohl auf die berufliche Ausbildung als auch auf die Hochschulreife vor. Der Unterricht an der Sekundarschule bietet deshalb von Anfang an auch gymnasiale Standards. Die zweite Fremdsprache im sechsten Jahrgang wird fakultativ angeboten; ein weiteres Angebot für die zweite Fremdsprache wird, wie am Gymnasium und der Gesamtschule, ab Jahrgangsstufe acht eröffnet. Die Varenholzer Sekundarschule verfügt über keine eigene Oberstufe, kooperiert aber mit dem Weser-Gymnasium in Vlotho sowie mit den umliegenden Berufskollegs, z. B. dem Hanse-Berufskolleg in Lemgo. Damit ist sichergestellt, dass Schüler/-innen wie auch die Eltern bei der Anmeldung genau wissen, wo ihr Kind das Abitur machen kann.
Bei der Privaten Sekundarschule Schloss Varenholz handelt es sich um eine Sekundarschule in kooperativer Form mit zwei Bildungsgängen, einem auf der Grundanforderungs- und einem auf der erweiterten Anspruchsebene. Während auf der Grundebene der Schwerpunkt auf der Berufsvorbereitung liegt, orientiert sich die Anspruchsebene mit dem Ziel der Vorbereitung auf den nachfolgenden Besuch einer gymnasialen Oberstufe an den Curricula der Realschule und des Gymnasiums.
In der Varenholzer Sekundarschule lernen die Kinder und Jugendlichen in den Klassen fünf und sechs im Rahmen eines binnendifferenzierten Unterrichtskonzeptes, welches von einem Klassenlehrerteam umgesetzt wird. Binnendifferenzierter Unterricht findet in den Hauptfächern Englisch, Mathematik und Deutsch sowie in den Fächern Erdkunde und Geschichte statt.
Ab der Klasse 7 wird der Unterricht in den Fächern Deutsch, Mathematik und Englisch, in der zweiten Fremdsprache sowie in den Lernbereichen Naturwissenschaften und Arbeitslehre in zwei Bildungsgänge mit Grund- und Erweiterungsanforderungen geteilt. Die Versetzungskonferenz entscheidet nach intensiver Elternberatung und unter Berücksichtigung des Leistungsstandes über den Übergang zu einem der beiden Bildungsgänge. Schüler/-innen haben die Möglichkeit, bis zur 9. Jahrgangsstufe den Bildungsgang zu wechseln. So wird eine frühzeitige strenge Festlegung auf einen der beiden Bildungsgänge bzw. auf einen bestimmten Schulabschluss vermieden.